死亡率隨病因不同而有變動，而且同一病毒感染的流行其嚴重程度每年也可有不同，在嬰兒中較易發生永久性的腦損害後遺症，但年幼兒童出現病情好轉的時期要比發生同樣感染的成人病例持續更長久。
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腦炎的臨床表現和並發症
發熱，頭痛，嘔吐，全身不適等症狀，是腦膜刺激徵象，也是腦炎常見的症狀，其中，無菌性腦膜炎典型症狀就是發熱，腦脊液單核細胞增多症，糖定量正常，蛋白定量輕度增高，塗片及培養檢查未發現細菌。
腦炎可以發病於不同性別和年齡，多為急性或亞急性。起病常伴有發熱，頭痛等一般症狀，神經導師系統的表現，根據病因病變分佈和嚴重程度而有所不同。
專業輕型的病例，可僅有頭痛，頭暈，頸部僵直等，漿液性腦膜炎的症狀，病變嚴重瀰漫時，則可出現意識障礙，譫妄躁動，顱神經麻痺，肢體癱瘓，不自主運動，尿便障礙，驚厥等症狀。病情進一步發展時，患者可陷入深度昏迷，呈去大腦或去皮質狀態，有時病變可局限於腦幹，脊髓等部位引起相應的症狀分別稱為腦幹炎或脊髓炎。
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腦炎起病時血中白細胞可增多以淋巴細胞為主，腦脊髓液檢查可發現晉升顱壓升高和以淋巴細胞為主的。輕至中度白細胞增多，蛋白質也可輕至中度增多，腦脊液的糖量一般正常，這與細菌或真菌感染醫術不同病毒性腦炎和急性播散性腦脊髓炎時，腦脊液常規檢查正常者也不太少見。
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