臭氧能與果蔬中的有機磷或氨基甲酯類等農藥發生化學反應，即通過化學的方法去除殘留。 由於發生化學反應需要一定的時間，因此處理的時間越久，降解的效果也會越好。
經過測試，經過 30 分鐘的處理後，果蔬中農藥的降解率能達到 50 %以上。 雖然有一定的效果，但是遠不如超聲波處理的效果好。活性水燃基
活性水燃基是果蔬清洗機中較新的技術，它幾乎能和所有的生物大分子、有機物或無機物發生化學反應，並且反應速率快。
在遇見 C-H 鍵，C-C 鍵的有機物時，它的反應速
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率能比臭氧反應快 7 個數量級，10 秒內就能完成反應，並且產生和臭氧反應相同的降解物。
農藥作為大分子化合物可以在活性水燃基的作用小分解為小分子，最後徹底分解為二氧化碳、水、無機鹽，離開果蔬表面，達到極佳的清潔效果。
果蔬清洗機的清洗效果與多種因素相關
這樣看來，果蔬清洗機的確可以解決大部分農藥殘留的問題，但這些數據都是在實驗室中得出，也就是說這些數據很有可能是在非常理想的實驗狀態下並且在測定特定的水果才能得出。
一般來說，果蔬清洗機是可以去除污泥並且殺菌消毒的。 但是在農藥降解方面，它在去除殘留在果蔬淺層表面的農藥有一定的效果，卻很難處理殘留在果蔬深層的農藥。
而且，果蔬清洗機在清洗不同種類的果蔬時效果也
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很不一樣。 它在清洗像草莓這一類農藥基本殘留在表面的果蔬有著很好的效果; 而在清洗蘋果、茄子、青椒等農藥吸附較深的果蔬時，效果則會大打折扣。
因此，我們在應該理性看待商家宣稱的清洗效果。
儘管果蔬清洗機的工作原理有三種，但是市面上大多數產品採用的均是 超聲波+臭氧 的清洗模式。
這種清洗機的清洗效果比單一採用某一原理的產品要好，但是實際應用效果比實驗室的理想環境中要差一些，因為市面上銷售的產品功率並沒有那麼高。
而且為了避免噪音問題，大多數產品都採用「塑膠桶」式的外觀。 這樣雖然起到降低雜訊和震動的效果，但是這對於依賴震動才能工作的超聲波而言並不是好事，因其大大降低了超聲波的強度。 除此之外，超聲波的強度大多集中在發生器（振動子）的正上方，位於果蔬清洗機角落的果蔬並不能受到大強度的震動，成為了果蔬清洗的盲區。
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